Tak cukup sekali, pada 17 Juli 2009 sekitar pukul 07:47 sampai 07:57 WIB, JI kembali meledakan bom di hotel JW Marriott dan Ritz-Carlton di kawasan Mega Kuningan, Jakarta Selatan. Peristiwa bom bunuh diri tersebut menewaskan 9 orang dan melukai lebih dari 50 orang lainnya, baik warga Indonesia maupun warga asing.
Selain dua bom rakitan berdaya ledak rendah yang meledak tersebut, sebuah bom serupa yang tidak meledak ditemukan di kamar 1808 Hotel JW Marriott. Kamar itu sudah ditempati sejak dua hari sebelumnya oleh tamu hotel yang diduga sebagai pelaku pengeboman.
- Bom Bali I
Bom Bali I adalah rangkaian tiga peristiwa pengeboman yang terjadi pada malam hari tanggal 12 Oktober 2002. Dua ledakan pertama terjadi di Paddy’s Pub dan Sari Club (SC) di Jalan Legian, Kuta, Bali, sedangkan ledakan terakhir terjadi di dekat kantor Konsulat Jenderal Amerika Serikat.
Tercatat 203 korban jiwa dan 209 orang luka-luka atau cedera akibat peristiwa ini. Kebanyakan korban merupakan wisatawan asing yang sedang berkunjung ke lokasi yang merupakan tempat wisata tersebut. Peristiwa ini dianggap sebagai peristiwa terorisme terparah dalam sejarah Indonesia.
Tim Investigasi Gabungan Polri dan kepolisian luar negeri yang telah dibentuk untuk menangani kasus ini menyimpulkan, bom yang digunakan berjenis TNT seberat 1 kg dan di depan Sari Club, merupakan bom RDX berbobot antara 50–150 kilogram.
- Bom Bali II
Bom kembali mengguncang Pulau Dewata pada 1 Oktober 2005. Peristiwa ini dikenal sebagai Bom Bali II. Terjadi tiga pengeboman, satu di Kuta dan dua di Jimbaran dengan sedikitnya 23 orang tewas dan 196 lainnya luka-luka.
Bom bunuh diri ini memberikan dampak yang cukup signifikan terhadap pariwisata di Bali mengingat pada 12 Oktober 2002 lalu terjadi serangan bom serupa dan menewaskan 202 orang. Pengeboman terjadi dalam tiga lokasi terpisah. Yakni Kafé Nyoman, Kafé Menega, Restoran R.AJA’s, Kuta Square.
Bukti awal menandakan bahwa serangan ini dilakukan oleh paling tidak tiga pengebom bunuh diri dalam model yang mirip dengan pengeboman tahun 2002. Serpihan ransel dan badan yang hancur berlebihan dianggap sebagai bukti pengeboman bunuh diri. Namun ada juga kemungkinan ransel-ransel tersebut disembunyikan di dalam restoran sebelum diledakkan.
- Bom Kedutaan Besar Australia di Jakarta
Pengeboman Kedubes Australia 2004 atau yang biasanya disebut Bom Kuningan terjadi pada tanggal 9 September 2004 di Jakarta. Ini merupakan aksi terorisme besar ketiga yang ditujukan terhadap Australia di Indonesia setelah Bom Bali 2002 dan Pengeboman Hotel Marriott 2003.
